如果您选择对微生物进行测序（BacSeq 或 FunITS）并使用优化的手动 cGMP 兼容过程分析数据，经验证的数据库和报告流程是所有工作的核心。完成 DNA 序列分析后，要将其与相关的、经验证的已知生物数据库进行比较，并生成和解读鉴定报告。
序列的解读，数据库比对和报告生成是该过程的关键部分。 对序列数据的解读并没有通用的规则。 菌种判定的阈值因属而异。在有些属中，菌种之间的联系非常紧密（即遗传距离低），但在其他属中，物种之间的联系却非常疏远（即遗传距离高）。 因为菌种间遗传距离的这种变化，菌种判定不能仅仅依赖单一的阈值。在分析时，必须首先考察样品与其最接近的匹配菌种的遗传距离，然后确定该距离是否等于或小于分隔该特定属的已知物种的平均距离。因此，微生物系统发育学家的专业知识和经验对于获得准确的鉴定结果至关重要。
